Мужской монастырь на месте бывшей столицы Западной Алании (X-XIII вв.) - резиденции Аланских митрополитов (X-XI вв.) был учрежден указом Святейшего Синода от 18 октября 1889 г. с наименованием Свято-Александро-Афонская Зеленчукская общежительная пустынь. Открытие монастыря состоялось 12 ноября 1889 г. освящением епископом Ставропольским Владимиром (Петровым) главного храма обители во имя св. кн. Александра Невского.
Штат обители в 1889 г. состоял из 4 иеромонахов, 1 иеродиакона, 6 монахов и 25 послушников, а также мастеров и чернорабочих (от 30 до 150 чел.). В 1887 г. был восстановлен для богослужения (на походном антиминсе) южный храм. Реставрация среднего храма была завершена к 1899 году. Трудами насельников были сложены три двухэтажных и три одноэтажных корпуса, в которых разместились братские кельи, богадельня и иконописная мастерская. К 1904 г. построен большой двухэтажный каменный корпус странноприимного дома. В окрестностях монастыря на отвесных склонах гор были устроены десятки келий. Монастырю принадлежал Георгиевский скит на вершине г. Шоана в верховьях р. Кубани. С 1887 г. братия восстанавливала храм X в. на Сентинской горе в ущелье р. Теберда, который в 1893 г. был передан девичьей общине, основавшей там Спасо-Преображенский Сентинский женский монастырь.
После 1918 г. Новые власти монастырь и скиты закрыли, храмы разорили. В 30-х гг. в монастырских постройках разместилась детская колония, затем интернат для детей-сирот. Колокольня и часть монастырских стен были разрушены в годы Великой Отечественной войны. В 70-х гг. ХХ в. бывшая территория монастыря со всеми сохранившимися постройками была передана на правах филиала Карачаево-Черкесскому музею краеведения.
